医院设有眼底科、青光眼科、眼外伤科、白内障中心、视光中心、眼角膜科、眼肿瘤科、眼肌科、眼中医科、眼整形科、临床检查中心、中心防盲办公室、同仁眼库、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、头颈外科、中心防聋办公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、变态反应科、心内科、心外科、神经内科、消化内科、呼吸内科、肾内科、内分泌科、血液科、风湿免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科为原卫生部批准的国家临床重点专科，变态反应科为国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。
青光眼科的临床诊疗技术长期居于国内水平，接近国际水平，这是我们多年来的特色，也是在学术界常年保持水平的重要基础。以恶性青光眼的诊断和为代表，在难治性青光眼的诊断和方面，始终处于国内水平，这方面的研究成果先后获得北京市科技进步二等奖和三等奖;在许多青光眼诊断技术的应用方面，青光眼科都走在国内同行的前列，比如应用二极管激光睫状体光凝技术各种难治性青光眼，应用激光小粱成型术早期开角型青光眼和残余性青光眼，青光眼白内障的联合手术，非穿通小粱切除手术，引流植入物手术、粘小管成型术、小梁消融术、全周小梁切开术先天性青光眼等。
北京同仁医院眼外伤专科集几代眼外伤人的总结积累、几十年的临床实践诊治经验，业已形成一套具有自身特色的、在国内外业界具有良好口碑的眼外伤诊断常规，现已发展成为我国规模大、综合技术力量强的眼外伤专科。眼外伤专科除开展一般常见疾病手术如：白内障摘除、人工晶状体植入，晶状体脱位半脱位摘除、人工晶状体/张力环脱位半脱位复位、玻璃体切除，眼内异物取出，视网膜嵌顿、视网膜脱离复位等手术外，还广泛开展了各种复杂眼外伤的前后段联合手术，善于接诊各类眼外伤疑难杂症和重急症患者，在眼外伤后各种疑难高危复杂玻璃体视网膜病变、眼前节紊乱、眼球早期萎缩、眼后房微小异物、感染性眼病、复杂性虹膜睫状体病变以及严重眼化学伤等眼外伤相关疾病的诊治水平处于国际水平，是国内复杂性眼外伤患者的转诊中心，使许多以往无法医治的眼底、眼外伤复杂疑难病症得到成功的救治。
角膜塑形镜门诊现设立在北京同仁医院崇文门院区东区一楼视光中心门诊，隶属眼科医学视光中心，现有医生6人，均为副高以上职称，专业擅长为眼视光医学及角膜病学，在复杂角膜屈光问题，近视眼防控，角膜塑形镜验配，硬性角膜接触镜(RGP)验配等领域具有丰富的临床经验。
服务人群：18-55岁的近视、散光、远视等屈光不正，希望通过手术矫正获得更好视觉体验的患者。