现在市场上的坐便器的冲水原理基本是直冲式和虹吸式两种大类。虹吸式中又分旋涡式虹吸和喷射式虹吸。
直冲式
直冲式坐便器是利用水流的冲力来排出便便，一般池壁较陡，存水面积较小，这样水力集中，便圈周围的落下的水力加大，冲污效率高。
优点：直冲式坐便器冲水管路简单，路径短，管径粗（一般直径在9至10厘米），利用水的重力加速度就可以把便便冲干净，冲水的过程短，与虹吸式相比从冲污能力上来说，直冲式座便器没有返水弯采取直冲，容易冲下较大的污物，在冲刷过程中不容易造成堵塞，卫生间里不用备置纸篓。从节水方面来说，也比虹吸式坐便器好。
缺点：直冲式坐便器的缺陷就是冲水声大，还有由于存水面较小，易出现结垢现象，防臭功能也不如虹吸式座便器，另外，直冲式坐便器目 前在市场上品种比较少，选择面不如虹吸式座便器大。
虹吸式
虹吸式坐便器的结构是排水管道呈“∽”型，在排水管道充满水后会产生一定的水位差，借冲洗水在便器内的排污管内产生的吸力将便便排走，由于虹吸式坐便器冲排不是借助水流冲力，所以池内存水面较大，冲水噪音较小。虹吸式坐便器还分为旋涡式虹吸、喷射式虹吸两种。
（1）旋涡式虹吸
这种坐便器冲水口设于坐便器底部的一侧，冲水时水流沿池壁形成旋涡，这样会加大水流对池壁的冲洗力度，也加大了虹吸作用的吸力，更利于将马桶内的脏东西排出。
（2）喷射式虹吸
在虹吸式坐便器上做了进一步改进，在马桶内底部增加一个喷射副道，对准排污口的中心，冲水时，水一部分从便圈周围的布水孔流出，一部分由喷射口喷出，这种坐便器是在虹吸的基础上借助较大的水流冲力，将污物快速冲走。
优点：虹吸式坐便器的优点就是冲水噪音小，称之为静音。从冲污能力上来说，虹吸式容易冲掉黏附在马桶表面的污物，因为虹吸的存水较高，防臭效果优于直冲式，现 在市场上虹吸式坐便器品种繁多，买坐便器会有更多的选择余地。
缺点：虹吸式坐便器冲水时先要放水至很高的水面，然后才将污物冲下去，所以要具备一定水量才可达到冲净的目的，每次至少要用8升至9升水，相对来说比较费水。 虹吸式的排水管径也就5、6公分左右，冲水时容易堵塞，所以手纸不能直接扔在马桶里中，安装虹吸式坐便器一般还要配备纸篓和搋子。