医院拥有5位中国工程院院士，1百多名技术三级以上专家，1千多名高职专业技术人员。医院先后获得省部级以上科技成果奖励1300余项，其中，国家科技进步一等奖7项，二等奖20项，国家发明奖2项，军队科技进步一等奖21项。 [2]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，中国人民解放军总医院名列第三。
在中心主任陈香美院士的领导下，建立了临床研究、项目支持、公共服务和交流推广等平台，建成具有国际规模的肾脏疾病临床信息数据库和生物样本资源库，联合全国500余家单位构建肾脏疾病临床协同研究网络，覆盖全国90%的地级市。针对我国主要疾病负担的IgA肾病、糖尿病肾病、老年肾脏病等常见慢性肾脏病以及急性肾损伤和尿毒症患者血液净化，从疾病危险因素、预警、诊断、和医疗质量改进多个层面，建立多中心、大样本、长期稳定随访的研究队列，组织开展大规模、多中心、高质量的临床诊疗研究，已成为临床新技术、药品器械研发与评价的创新基地，带动我国慢性肾病防治整体水平的提升。
2019年在科技部组织的首次绩效评估中，国家慢性肾病临床医学研究中心成绩为“”。
国家老年疾病临床医学研究中心（解放军总医院）是由国家科技部、卫生健康委员会、军委后勤保障部和原食品药品监督管理总局于2016年7月联合批准建设的第三批国家临床医学研究中心，主任为老年医学专家范利教授，中心依托解放军总医院第二医学中心老年医学部主管主建，拥有集国家重点学科、国家临床医学研究中心、国家临床重点专科（军队建设项目）、北京市及全军重点实验室、全军保健人员培训基地“五位一体”的老年医学优势学科群，连续5年蝉联全国老年医学专科排行榜榜首，涌现出一批德高望重、造诣精深的老年医学大家，已建成体系完整、人才接续的学科体系。
先后牵头并主持承担了国家重大课题330多项。获国家发明专利50余项。获得新药证书7项、诊断试剂生产批件13项、军队制剂批件43项。发表病毒性肝炎相关SCI论文800篇（IF≥10论文24篇）。依靠协同创新网络推广普及病毒性肝炎相关知识。一方面紧密瞄准解决临床问题“接地气”的宏伟目标，组织开展国际化、高质量的多中心临床研究，取得具有重大临床指导意义的创新性成果，另一方面创新国际交流与合作模式，与世界大学、研究院所、医疗机构和跨国企业等建立战略合作伙伴关系，获得具有“高大上”特性的科研成果，提高学术水平和地位。