预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
另外，也有的招标文件规定如下：“投标保证金提交方式：本项目投标保证金仅接受银行保函。银行保函申请人必须是投标人，保证人必须是投标人基本账户的开户银行或其上级银行。”这种是指投标人提交的保证金必须采用银行保函的方式，且只支持基本户保函。目前很多银行并不提供开具保函服务，因此如遇到银行不开具保函的情形，可以咨询担保公司。
一般，走招投标的项目，大都需要银行保函，招标初期，各大公司纷纷投标，很早以前都是交保证金给招标方，后来国家大力推荐用银行保函替代保证金，因此衍生出了投标保函，用来代替投标保证金。
保函是一种专业的术语，他的作用和保证书是相同的。保函是具有法律效力的，还需要缴纳保函费。那么保函手续费的收取标准是什么呢？一、保函的性质
1、是独立于委托人与担保人之间的反担保或委托人与受益人之间的合同或投标条件之外的。
2、是依据其规定的条件生效的，由担保人以保函中规定的任何单据为基础做出决定的。
3、是不可撤销的。
二、保函手续费
境内非融资性保函手续费收取标准：
1、支付保函手续费：
银行为客户开立支付保函业务时，需要向客户征收每季千分之五的保函手续费，指导价为千分之一每季，是500元每季。
2、履约保函手续费：
银行为客户开立履约保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.1%，每季度收取500元。
3、投标保函手续费：
银行为客户开立投标保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.05%，每季度收取500元。
4、分期付款与延期付款保函手续费：
银行为客户开立分期付款、延期付款保函业务时，均需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.15%，每季度收取500元。
5、关税保函手续费：
银行为客户开立关税保函业务时，需要向客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.15%，每季度收取500元。
6、租赁保函手续费：
银行为客户开立租赁保函业务时，需要像客户征收每季0.5%的保函手续费，指导价为0.15%，每季度收取1000元。
7、其他保函手续费：
预付款保函、工程质量保函与保释金保函手续费分别为：指导价0.1%、0.1%、0.15%，上限都是0.5%，收费分别是500、500、1000元/季。
办理工程保函存在的主要问题
1.在投标或签订合同时不被重视，也就是保函的可实施性不被重视。保函作为担保的一种，其主要功能是保障受益人在对方违约情况下的权益，承包方一旦违约，业主可以以开具的保函索赔，从承包方银行账户上把资金划走。
2.在投标或签订合同时没有考虑办理保函的成本和风险。目前业主要求提供的工程保函大部分是银行为担保人的银行保函，企业向银行提出申请办理银行保函需要交纳一定比例的保证金，这部分保证金只有在银行保函退还给银行以后才能使用，这无形当中影响了企业的现金流量，增加了支付风险，同时企业的机会成本增大；银行保函与银行商业信用相关联，一旦违约，将会损害到企业的银行信用，从而影响到其后续的融资、经营等经济活动，这样就会产生与损害建筑市场信用类似的后果。
3.在签订合同时没有规范保函的内容。工程双方应该在合同招投标阶段即约定好担保书的格式、内容等，特别是索赔程序和保函有效期约定。在招投标阶段即开始规范保函可以使投标人提前对保函能否响应进行自我评估，合同签订后，双方不得再对其做实质性的更改。坚决避免合同谈判时甚至合同签订后才讨论担保的事宜。
4.在签订合同时合同条款不对等。承包方在提供工程履约保函给业主时，业主也应该相应地提供给承包方付款保函，目前国内签订的工程合同大部分只约定了承包方需向业主提供履约保函，而没有约定业主需向承包方提供付款保函。